La CEPE est une communauté ecclésiale. Pour être en tant que telle, elle a besoin de se confronter aux fondements théologiques de la communion. Cette discussion critique se retrouve au sein des groupes qui traitent de la doctrine et qui, depuis la fondation de la Communion d’Eglises, se sont intéressés aux déclarations théologiques au coeur de la Concorde.

Les sujets actuels des discussions doctrinales sont :

• Ministère, Ordination et Episkopé selon la compréhension protestante
• Ecriture – Confession de foi – Eglise
  

• Nouveaux défis sociaux pour les Eglises protestantes

• „Ecclesia semper reformanda“